THE GENETIC DIVERSITY OF PHASCOLOSOMA ESCULENTA IN THE COASTAL ZONE OF SOUTH-EASTERN CHINA BASED ON SEQUENCE ANALYSIS OF MITOCHONDRIAL COⅠ GENE
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摘要: 为了解我国东南沿海可口革囊星虫自然群体的遗传多样性及遗传结构, 以线粒体COⅠ基因为分子标记, 对浙江象山(XS)与温岭(WL)、福建宁德(ND)、广东湛江(ZJ)4个可口革囊星虫自然群体的80个样本的COⅠ基因片段进行PCR扩增、序列测定和分析。结果表明, 在815 bp长度的核苷酸片段中, A、T、C、G碱基的平均含量分别为29.8%、31.0%、22.6%和16.6%, A+T含量(60.8%)高于C+G含量(49.2%), 表现出较强的AT偏好性。共检测到29个核苷酸变异位点, 定义了29种单倍型, 总群体单倍型多样性指数(Hd)、核甘酸多样性指数(Pi)及平均核苷酸差异数(K)分别为0.932、0.0036及2.8902, 表现出高的Hd和低的Pi。单倍型邻接关系树的拓扑结构简单, 未呈现明显的地理谱系结构。群体内的遗传距离为0.0027—0.0040, 群体间的遗传距离为0.0032—0.0040。两两群体间的遗传分化系数(Fst)和分子方差分析(AMOVA)表明, 可口革囊星虫的遗传变异主要来自于群体内, 而群体间无显著分化。中性检验和核苷酸不配对分布结果揭示, 可口革囊星虫经历了群体历史扩张事件, 大致发生在4.6万年前的更新世晚期。Abstract: To investigate the genetic diversity and structure of Phascolosoma esculenta wild populations in the coastal zone of South-Eastern China, the mitochondrial cytochrome oxidase subunit Ⅰ (COⅠ) genes as molecular markers were amplified, sequenced and analyzed from 80 organisms sampled in four areas [Xiangshan (XS), Wenling (WL), Ningde (ND) and Zhanjiang (ZJ)]. The results showed that 815 base pair (bp) fragment was consisted of A, T, C and G base with 29.8%, 31.0%, 22.6% and 16.6%, respectively, indicating a greater preference for A and T base because the A+T content (60.8%) was higher than that of G+C (39.2%). Besides, twenty-nine polymorphic sites and haplotypes were identified in all the sequences. Total haplotype diversity (Hd), nucleotide diversity (Pi) and the average number of nucleotide differences (K) were 0.932, 0.0036 and 2.8902, respectively. A shallow topology of haplotype neighbor-joining (NJ) tree with simple topological structure showed no phylogeographic structure among four populations. Genetic distance within and between P. esulenta populations were 0.0027—0.0040 and 0.0032—0.0040, respectively. Genetic fixation index (Fst) and analysis of molecular variance (AMOVA) indicated that the genetic variance mainly came from individuals within populations, and no genetic differentiation was among populations. Neutral test and mismatch-distribution analysis revealed that the populations of P. esculenta had ever experienced population expansion that occurred in about 0.046 million years ago in the late pleistocene epoch.
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Keywords:
- Phascolosoma esculenta /
- COⅠgene /
- Genetic diversity /
- Genetic structure
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可口革囊星虫(Phascolosoma esculenta)是星虫动物门(Sipuncula)重要经济物种之一, 属革囊星虫纲(Phascolosomatidea)、革囊星虫科(Phascolosomatidae)、革囊星虫属(Phascolosoma), 广泛分布于东南沿海[1], 栖息于潮间带营穴居生活, 以底栖硅藻及有机碎屑为食; 在夏季繁殖期, 一般在大潮汛受潮流刺激下产卵[2], 而且早期生活史经历了15d左右的浮游生活的幼虫阶段[3], 浮游幼虫易随潮流而扩散, 从而有利于不同群体之间的基因交流。可口革囊星虫食用经济价值与药用价值较高, 被誉为“海洋冬虫夏草”。近年来, 由于环境污染、滩涂围垦、过度采捕等原因, 导致自然资源急剧衰退, 影响资源可持续利用。因此, 其资源保护、苗种繁育及增养殖开发引起重视。目前, 可口革囊星虫的基础研究已涉及营养学[4]、繁殖生物学[2, 3, 5—9]、分子生物学[10, 11]、毒理学[12]等方面, 但有关其种群遗传学方面的研究却鲜有报道。相比之下, 同为星虫门的裸体方格星虫(Sipunculus nudus)却已开展了遗传多样性及遗传结构方面的研究[13—15]。为了保护及合理开发可口革囊星虫资源, 开展其自然群体遗传多样性研究十分必要。
线粒体基因(mtDNA)具有结构简单、母系遗传、演化速率比核基因快、不发生重组等特点, 非常适合于水生经济动物的种群遗传学和系统进化研究[16]。其中, 线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因序列标记技术是最常用的分子标记技术之一, 已应用于缢蛏(Sinonovacula constricta)[17]、紫贻贝(Mytilus edulisLinnaeus)[18]、厚壳贻贝(Mytilus coruscus)[19]、文蛤(Meretrix meretrix)[20, 21]、双齿围沙蚕(Perinereis aibuhitensis)[22]等海洋无脊椎动物的遗传多样性及遗传结构研究。本研究, 利用COⅠ基因序列标记技术分析了我国东南沿海4个可口革囊星虫自然群体的遗传多样性及遗传结构, 旨在了解可口革囊星虫的遗传背景, 为其资源保护及合理开发利用提供理论依据。
1. 材料与方法
1.1 样品采集与保存
实验用可口革囊星虫样品采自浙江象山(XS)与温岭(WL)、福建宁德(ND)、广东湛江(ZJ)的潮间带滩涂, 依据李凤鲁[1]对可口革囊星虫分类特征的描述——“收吻肌大部融合, 背腹两对相距较远, 每对收吻肌的始点甚远”, 鉴定样品。4个地理群体样品均为野生个体, 每个群体采得样品100条以上, 并活体带回实验室。每个群体样品随机取20条进行解剖, 取体壁肌肉于95%酒精中固定、保存备用。
1.2 DNA的提取、扩增及测序
取体壁肌肉样品约100 mg, 剪碎后加600 μL STE裂解液(10 mmol/L Tris-HCl, pH 8.0; 100 mmol/L EDTA; 200 mmol/L NaCl及2% SDS)及5 μL蛋白酶K (20 mg/mL), 56℃消化至澄清, 用酚-氯仿法抽提基因组DNA, 然后将经乙醇沉淀后的DNA样品溶解于50 μL双蒸水中, –20℃保存备用。
可口革囊星虫线粒体COⅠ序列正向和反向扩增引物分别为: LCO1490(5′-GGTCAACAAATCATAAAGATATTGG-3′)和HCOoutout (5′-GTAAATATATGRTGDGCTC-3′)[23], 均由上海英骏生物技术公司合成。PCR反应体系为50 μL, 其中, 10×PCR缓冲液5 μL, dNTPs 4 μL (2.5 mmol/L), 正反引物各1 μL (浓度10 μmol/L),Taq酶2 U, 模板DNA 1 μL, 加灭菌双蒸水至50 μL。PCR反应程序: 94℃预变性5min; 94℃变性30s, 55℃退火30s, 72℃延伸1min, 共35个循环; 最后72℃延伸10min。PCR产物经1%琼脂糖凝胶电泳检测后送上海英骏生物技术公司进行纯化及双向测序, 测序引物与PCR反应引物一致。
1.3 数据处理
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2. 结果
2.1 序列变异与遗传多样性
以可口革囊星虫的总DNA为模版进行PCR扩增、序列测定和比对, 获得80条长度为815 bp的COⅠ基因同源序列。所得序列共检测到29个变异位点, 占分析位点总数的3.56%, 其中单突变位点(Singleton variable sites)13个, 简约信息位点(Parsimony informative sites)16个, 转换/颠换的平均值为3.14, 无插入或缺失现象。A、T、C、G碱基的平均含量分别为29.8%、31.0%、22.6%和16.6%, A+T含量(60.8%)明显高于C+G含量(39.2%), 表现出较强的AT偏好性, 符合可口革囊星虫线粒体基因组特点[25]。80个样品共定义29种单倍型(表 1), Hap1和Hap5为4群体共享单倍型, Hap4、Hap9和Hap11为3群体共享单倍型。两群体共享单倍型6种, 其余18种为单一群体所特有。遗传参数统计表明, 各群体单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别达0.889—0.953、0.0027—0.0040; 平均核苷酸差异数达2.2211—3.2842。将所有样品作为一个群体进行数据分析, 得出单倍型多样性指数为0.932, 核苷酸多样性指数为0.0036, 平均核苷酸差异数为2.8902 (表 2)。
表 1 可口革囊星虫COⅠ基因序列单倍型及在4个群体中的分布Table 1. Haplotypes of COⅠ gene and its distribution in four P. esculenta populations单倍型Haplotype 变异位点Variable site 群体Population 1 1 1 2 2 3 3 3 3 4 4 4 4 5 5 5 5 5 6 6 6 7 7 7 7 7 X
SW
LN
DZ
JTotal 3 3 8 0 6 6 1 8 2 4 6 8 0 2 4 6 0 0 3 5 8 1 3 6 0 0 0 0 9 4 5 8 0 0 9 7 3 8 3 4 8 9 4 5 3 2 5 5 0 3 9 1 1 0 3 7 9 9 Hap1 A C A A C A C C T A C G A T T T A C T A G A A G A G G C C 2 2 2 3 9 Hap2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . 1 1 2 Hap3 . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 Hap4 . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . . . . . . . . . . 5 6 1 12 Hap5 . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . . . . . . . . . T 3 2 5 3 13 Hap6 . . . . . . . . C G . . . . C . . . A . . . . . . . . . T 1 1 Hap7 . . . . . . T . . G . A . . C . . . A . . . . . . . . . . 1 1 Hap8 . . . . . . . . . . . . . . C C . . A . A . . A . . . . . 1 1 Hap9 . . . . A . . . . . . . . . C . . . A . A . G . . . . . . 1 2 1 4 Hap10 . T . . . C . . . . . . . . C . . . A . . . . . . . . . . 1 1 Hap11 . . . . . . . T . . . . . . C . . . A . . . . . . . . . . 1 3 1 5 Hap12 . . . . . . . . . G . . . . C . G . A G . . . . . . . . . 1 1 Hap13 . . . . . . . . . G . . . . C . . . A . . . . . . . . . . 1 1 Hap14 . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . . . . . T . . . . 1 1 Hap15 . . . . . C . . . . . . . . C . . . A . . . . . . . . T T 1 1 Hap16 . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . . G . . . . . . T 1 1 Hap17 . . . . . . . T . . G . . . C . . . A . . . . . . . . . . 1 1 2 Hap18 . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . . . . . . . T . . 1 1 Hap19 . . . . . . . . . . . . . . C . . T A . . . . . . . . . T 2 2 Hap20 . . . G . . . . . . . . . . C . . . A . . . . . . . . . T 1 2 3 Hap21 . . . . . . . . . . . . . . C . . T A . A . . . . . . . T 2 1 3 Hap22 . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . A . . A . . . . . 1 1 Hap23 . . . . . . . T . G . . . . C . . . A . . . . . . . . . . 2 2 4 Hap24 G . . . A . . . . . . . . . C . . . A . A . G . . . . . . 2 1 3 Hap25 . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . A . . . . . . . . 1 1 Hap26 . . . . . . . . . . . . T . C . . . A . . . . . . . . . T 1 1 Hap27 . . . . . . . . C . . . . . C . . . A . . . . . . . . . T 2 2 Hap28 . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . . . . . . A . . T 1 1 Hap29 . . G . . . . . . . . . . . C . . . A . . . . . . . . . T 1 1 表 2 基于COⅠ序列得出的可口革囊星虫群体遗传多样性参数Table 2. Genetic diversity of P. esculenta populations based on COⅠ sequences群体Population 样本数Sample size 单倍型数No. of haplotype 单倍型多样性指数Hd Haplotype diversity 核苷酸多样性指数Pi Nucleotide diversity 平均核苷酸差异数K Average nucleotide differences XS 20 13 0.926±0.043 0.0036±0.00053 2.9368 WL 20 10 0.889±0.051 0.0027±0.00046 2.2211 ND 20 11 0.921±0.041 0.0040±0.00047 3.2842 ZJ 20 13 0.953±0.028 0.0037±0.00045 2.9726 Total 80 29 0.932±0.014 0.0036±0.00024 2.8902 2.2 群体遗传结构
从可口革囊星虫4个地理群体的遗传距离来看(表 3), 群体内的遗传距离为0.0027—0.0040, 群体间的遗传距离为0.0032—0.0040, 表明群体内与群体间的遗传距离处于同一水平; 两两群体间的遗传分化系数Fst值为–0.0015—0.0409, 统计检验均差异不显著(P>0.05), 表明可口革囊星虫不同群体间存在较高的遗传同质性。AMOVA分析结果显示(表 4), 在整个遗传变异中有98.12%存在于群体内, 仅1.88%存在于群体间, 进一步证实群体内的分化为遗传变异的主要部分。
表 3 基于COⅠ序列的可口革囊星虫群体间遗传分化系数Fst (对角线下)和群体内(对角线)及群体间遗传距离(对角线上)Table 3. Genetic fixation index (Fst) (below diagonal) and genetic distance within (diagonal) and between (above diagonal) P. esculenta populations based on COⅠ sequences群体Population XS WL ND ZJ XS 0.0036 0.0032 0.0040 0.0037 WL –0.0015 0.0027 0.0035 0.0033 ND 0.0340 0.0409 0.0040 0.0034 ZJ 0.0201 0.0212 –0.0043 0.0036 基于Kimura双参数模型, 构建单倍型邻接树(图 1)。各群体的单倍型都广泛分布于单倍型邻接树上, 大部分节点分支支持率较低(<50%), 单倍型聚类没有展示出地域性特征。单倍型邻接关系树的拓扑结构简单, 未呈现明显的地理谱系结构。
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图 1 基于可口革囊星虫mtDNA COⅠ基因序列构建的NJ系统树Figure 1. Neighbor-joining tree of P. esculenta based on mtDNA COⅠ gene表 4 基于COⅠ序列对可口革囊星虫群体的AMOVA分析Table 4. AMOVA analysis of P. esculenta populations based on COⅠ sequences变异来源
Source of
variation自由度
df平方和
Sum of
squares变异组分
Variance
components变异百分数
Percentage
of variation群体间
Among
populations3 5.912 0.02732 Va 1.88 群体内
Within
populations76 108.250 1.42434 Vb 98.12 总计
Total79 114.162 1.45167 100 2.3 群体历史动态
可口革囊星虫群体间不存在显著的遗传分化, 故将其看做一个整体进行历史动态分析。中性检验表明(表 5), Tajima’s D和Fu’s Fs值均为负值, 且统计检验均显著(P<0.05); 核苷酸不配对分布分析结果表明, 可口革囊星虫COⅠ单倍型核苷酸不配对分布呈单峰状(图 2), 且观测值没有明显偏离模拟值(SSD=0.002, P=0.540; Raggedness=0.022, P=0.730), 提示可口革囊星虫经历了群体历史扩张事件。在群体扩张假设下, 计算得到τ值为3.025 (95%可信区间: 1.467—4.279), 将多毛类线粒体COⅠ基因2%/Ma (百万年)的进化速率应用于本研究[26], 估算出可口革囊星虫的群体扩张时间大约在4.6万年前。
表 5 可口革囊星虫群体的中性检验及核苷酸不配对分布Table 5. Neutral test and mismatch distribution of nucleotide in P. esculenta中性检验Neutral test 核苷酸不配对分布Mismatch distribution of nucleotide Tajima’s D P Fu’s Fs P τ (95%CI) SSD P Raggedness P –1.577 0.028 –26.546 0.000 3.025(1.467—4.279) 0.002 0.540 0.022 0.730 ![]()
图 2 可口革囊星虫COⅠ基因的核苷酸不配对分布图Figure 2. Nucleotide mismatch distribution of COⅠ gene in P. esculenta3. 讨论
物种遗传多样性水平的高低与其适应能力、生存能力和进化潜力密切相关, 遗传变异越丰富, 对环境变化的适应能力就越强, 反之, 则易受到环境变化的影响[27, 28]。研究海洋动物遗传多样性, 可为其种质资源保护及开发利用提供理论依据。以往, 研究者已经利用线粒体COⅠ基因序列分析了软体动物[17—20]、甲壳动物[29—31]、环节动物[22]等的遗传多样性及遗传结构, 揭示了这些海洋生物的遗传多样性水平, 并说明利用COⅠ基因序列分析海洋经济动物遗传多样性及遗传结构的可行性。
可口革囊星虫是我国重要海洋无脊椎经济动物之一, 其遗传多样性方面的研究仅见同工酶水平的报道[32, 33]。本研究, 利用COⅠ基因序列对我国东南沿海4个可口革囊星虫地理群体的遗传多样性进行了分析。结果表明, 可口革囊星虫COⅠ基因序列(815 bp)中A+T含量(60.8%)明显高于C+G含量(39.2%), 表现出较强的AT偏好性, 这与缢蛏[17]、紫贻贝[18]、文蛤[20, 21]等双壳类软体动物mtDNA COⅠ序列碱基组成特点相似。可口革囊星虫群体的单倍型多样性指数为0.932, 呈现出较高的遗传多样性, 而核苷酸多样性指数仅为0.0036, 处于较低水平, 类似现象在裸体方格星虫(Sipunculus nudus)[15]、双齿围沙蚕(Perinereris aibuhitensis)[34]、厚壳贻贝(Mytilus coruscus)[19]等海洋无脊椎动物中被研究报道, 这些无脊椎动物具有一些共性特征——较大的固定群体、极强的繁殖及浮游扩散能力等[35], 可口革囊星虫的生活史特征也如此[3]。引入Grant和Bowen[36]提出的假设, “高Hd、低Pi”的遗传多样性模式表明群体近期可能经历了扩张事件, 即由一个较小的有效群体短时间内快速成长为一个大群体时, 常常伴随着单倍型多样性的提升, 但同时又缺乏足够时间积累核苷酸变异。本研究结果核苷酸不配对分布呈单峰状、以及中性检验参数为负值且统计检验显著, 支持这一推论。
Fst值是群体间遗传分化的重要参数之一, 其值大小能反映群体间分化程度, Fst=0—0.05时无分化, 0.05—0.15为中度分化, 0.15—0.25为高度分化[37]。在本研究中, 可口革囊星虫两两群体间的Fst值在–0.0015—0.0409之间。据此, 可口革囊星虫4个群体间处无明显分化状态。AMOVA分析结果及单倍型邻接树均表明可口革囊星虫群体间的遗传差异不明显, 不存在显著的系统地理格局。其原因分析如下: 第一, 海洋中缺少影响种群扩散与交流的环境障碍, 致使可口革囊星虫地理群体间的基因交流频繁, 遗传分化匮乏[38]; 而且可口革囊星虫早期生活史阶段具有15d左右的浮游幼虫期[3], 且其繁殖高峰期为7—8月份, 正值夏季风盛行, 浮性幼虫易在潮流及沿岸流的作用下长距离扩散[28], 丰富了地理群体间的基因交流, 造成群体间遗传分化不明显。第二, 可口革囊星虫属广温广盐性物种, 对环境的适应性强[39], 且自然资源多分布于近河口滩涂区, 栖息地的地理构架相似, 这些因素间接影响群体间的遗传趋异。第三, 可口革囊星虫增养殖热潮的兴起, 外来苗种的无序引入, 加之“人工苗”的逃逸, 也在一定程度上加剧了可口革囊星虫群体间的基因交流。
除了生活史特征、海洋洋流、人类活动干扰等因素影响外, 古气候历史事件对其遗传结构的影响也不容忽视。更新世时期全球气候经历了一系列冰期-间冰期的变化[40], 冰盛期海平面下降约120—140 m, 栖息地的剧缩导致营埋栖生活的可口革囊星虫群体大量灭绝, 而间冰期气候回暖、海平面上升、适宜生境的形成可能又导致残存的可口革囊星虫发生群体扩张事件。本研究估算出可口革囊星虫种群的扩张时间大致发生在4.6万年前, 这一时间正处于更新世晚期, 提示更新世时期剧烈的气候变化对可口革囊星虫的影响巨大。而在经历了群体扩张事件后各群体单独进化时间太短又成为可口革囊星虫群体间遗传差异较小的原因之一[41]。
综上, 浙江象山(XS)与温岭(WL)、福建宁德(ND)、广东湛江(ZJ)4个可口革囊星虫地理群体的遗传多样性处于较高水平, 群体内与群体间的遗传距离处于同一水平, 遗传变异主要来自于群体内, 而群体间无明显分化, 4.6万年前经历了群体历史扩张事件。研究结果为可口革囊星虫自然资源的保护及合理开发利用提供了依据。
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图 1 基于可口革囊星虫mtDNA COⅠ基因序列构建的NJ系统树
Figure 1. Neighbor-joining tree of P. esculenta based on mtDNA COⅠ gene
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图 2 可口革囊星虫COⅠ基因的核苷酸不配对分布图
Figure 2. Nucleotide mismatch distribution of COⅠ gene in P. esculenta
表 1 可口革囊星虫COⅠ基因序列单倍型及在4个群体中的分布
Table 1 Haplotypes of COⅠ gene and its distribution in four P. esculenta populations
单倍型Haplotype 变异位点Variable site 群体Population 1 1 1 2 2 3 3 3 3 4 4 4 4 5 5 5 5 5 6 6 6 7 7 7 7 7 X
SW
LN
DZ
JTotal 3 3 8 0 6 6 1 8 2 4 6 8 0 2 4 6 0 0 3 5 8 1 3 6 0 0 0 0 9 4 5 8 0 0 9 7 3 8 3 4 8 9 4 5 3 2 5 5 0 3 9 1 1 0 3 7 9 9 Hap1 A C A A C A C C T A C G A T T T A C T A G A A G A G G C C 2 2 2 3 9 Hap2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . 1 1 2 Hap3 . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 Hap4 . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . . . . . . . . . . 5 6 1 12 Hap5 . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . . . . . . . . . T 3 2 5 3 13 Hap6 . . . . . . . . C G . . . . C . . . A . . . . . . . . . T 1 1 Hap7 . . . . . . T . . G . A . . C . . . A . . . . . . . . . . 1 1 Hap8 . . . . . . . . . . . . . . C C . . A . A . . A . . . . . 1 1 Hap9 . . . . A . . . . . . . . . C . . . A . A . G . . . . . . 1 2 1 4 Hap10 . T . . . C . . . . . . . . C . . . A . . . . . . . . . . 1 1 Hap11 . . . . . . . T . . . . . . C . . . A . . . . . . . . . . 1 3 1 5 Hap12 . . . . . . . . . G . . . . C . G . A G . . . . . . . . . 1 1 Hap13 . . . . . . . . . G . . . . C . . . A . . . . . . . . . . 1 1 Hap14 . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . . . . . T . . . . 1 1 Hap15 . . . . . C . . . . . . . . C . . . A . . . . . . . . T T 1 1 Hap16 . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . . G . . . . . . T 1 1 Hap17 . . . . . . . T . . G . . . C . . . A . . . . . . . . . . 1 1 2 Hap18 . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . . . . . . . T . . 1 1 Hap19 . . . . . . . . . . . . . . C . . T A . . . . . . . . . T 2 2 Hap20 . . . G . . . . . . . . . . C . . . A . . . . . . . . . T 1 2 3 Hap21 . . . . . . . . . . . . . . C . . T A . A . . . . . . . T 2 1 3 Hap22 . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . A . . A . . . . . 1 1 Hap23 . . . . . . . T . G . . . . C . . . A . . . . . . . . . . 2 2 4 Hap24 G . . . A . . . . . . . . . C . . . A . A . G . . . . . . 2 1 3 Hap25 . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . A . . . . . . . . 1 1 Hap26 . . . . . . . . . . . . T . C . . . A . . . . . . . . . T 1 1 Hap27 . . . . . . . . C . . . . . C . . . A . . . . . . . . . T 2 2 Hap28 . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . . . . . . A . . T 1 1 Hap29 . . G . . . . . . . . . . . C . . . A . . . . . . . . . T 1 1 
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表 2 基于COⅠ序列得出的可口革囊星虫群体遗传多样性参数
Table 2 Genetic diversity of P. esculenta populations based on COⅠ sequences
群体Population 样本数Sample size 单倍型数No. of haplotype 单倍型多样性指数Hd Haplotype diversity 核苷酸多样性指数Pi Nucleotide diversity 平均核苷酸差异数K Average nucleotide differences XS 20 13 0.926±0.043 0.0036±0.00053 2.9368 WL 20 10 0.889±0.051 0.0027±0.00046 2.2211 ND 20 11 0.921±0.041 0.0040±0.00047 3.2842 ZJ 20 13 0.953±0.028 0.0037±0.00045 2.9726 Total 80 29 0.932±0.014 0.0036±0.00024 2.8902
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表 3 基于COⅠ序列的可口革囊星虫群体间遗传分化系数Fst (对角线下)和群体内(对角线)及群体间遗传距离(对角线上)
Table 3 Genetic fixation index (Fst) (below diagonal) and genetic distance within (diagonal) and between (above diagonal) P. esculenta populations based on COⅠ sequences
群体Population XS WL ND ZJ XS 0.0036 0.0032 0.0040 0.0037 WL –0.0015 0.0027 0.0035 0.0033 ND 0.0340 0.0409 0.0040 0.0034 ZJ 0.0201 0.0212 –0.0043 0.0036
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表 4 基于COⅠ序列对可口革囊星虫群体的AMOVA分析
Table 4 AMOVA analysis of P. esculenta populations based on COⅠ sequences
变异来源
Source of
variation自由度
df平方和
Sum of
squares变异组分
Variance
components变异百分数
Percentage
of variation群体间
Among
populations3 5.912 0.02732 Va 1.88 群体内
Within
populations76 108.250 1.42434 Vb 98.12 总计
Total79 114.162 1.45167 100
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表 5 可口革囊星虫群体的中性检验及核苷酸不配对分布
Table 5 Neutral test and mismatch distribution of nucleotide in P. esculenta
中性检验Neutral test 核苷酸不配对分布Mismatch distribution of nucleotide Tajima’s D P Fu’s Fs P τ (95%CI) SSD P Raggedness P –1.577 0.028 –26.546 0.000 3.025(1.467—4.279) 0.002 0.540 0.022 0.730
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