SNPS IDENTIFICATION IN RNA-SEQ DATA OF LARGEMOUTH BASS (MICROPTERUS SALMOIDES) FED ON FORMULATED FEED AND ASSOCIATION ANALYSIS WITH GROWTH TRAIT
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摘要: 为开发人工饲料代替冰鲜杂鱼养殖大口黑鲈的分子标记，以食用冰鲜鱼和配合饲料的同批大口黑鲈为研究材料，利用RNA-Seq（RNA sequencing）技术挖掘SNPs（Single nucleotide polymorphisms）标记，并以关联分析筛选可用于育种的候选标记。转录组进行测序共获得174 M数据，8681个SNPs位点。挑选其中具有表达差异的50个SNPs位点进行SNaPshot分型，结果39个分型成功，其中有4个为假阳性，通过转录组技术开发出SNPs标记35个，成功率为70.0%。为进一步检验这些标记是否可用于评估驯食饲料的大口黑鲈选育研究，研究以327尾摄食人工配合饲料的大口黑鲈为试验材料，SPSS软件进行一般线性模型分析SNPs的不同基因型与生长性状的相关性，结果显示有2个SNPs位点与体质量、全长和体高等生长性状存在显著相关性（P<0.05），可作为候选标记用于大口黑鲈的分子辅助育种。由于转录组数据直接反应基因的表达情况，从中挖掘与性状相关的优势基因型与分子标记的成功率高，效果较好。同时也为解决大口黑鲈选育研究中标记缺乏提供了有效途径，为选育提供遗传依据、加速育种进程。
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关键词:
- 转录组测序(RNA-Seq) /
- 大口黑鲈 /
- 单核苷酸多态(SNPs) /
- 生长性状
Abstract: It is a hot research area to substitute frozen trash fish (FF) with artificial compound diet (CD) in feeding the carnivorous economic fish. Largemouth bass (Micropterus salmoides) is one of the important aquaculture species with an annual output of about 340000 tons in fresh water in China. Effect of artificial compound diet at the transcriptome level of largemouth bass is rare reported. The current study utilized RNA-Seq (RNA sequencing) technology on the Illumina sequencing platform (Illumina HiSeqTM 2000) to screen polymorphic SNP (single nucleotide polymorphism) markers of largemouth bass in two diets and analyzed the association of SNPs with growth trait. As a result, a total of 174M reads were assembled to generate 95024 unigenes. We used BWA (http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/) and SamTools (http://source forge.net/projects/samtools/) to detect SNPs. Several filtering steps were performed to reduce the false positive of SNPs, 8681 SNPs met the selection criteria. 50 SNPs sequences in different genes were validated by PCR amplification and genotyped by the SNaPshot assay. 39 out of 50 SNPs were confirmed. Of these, 4 SNPs were monomorphic for all individuals and 35 SNPs were polymorphic. Validation of selected SNPs was 70%. 327 largemouth bass with marketable sizes fed by CD were used to evaluate the correlation between these validated SNPs and growth traits including body mass, total length, head length, body width, withers height and caudal peduncle length. Genotyping data were computed and analyzed by SPSS 19.0 statistical software package. Two SNPs were associated with body mass, total length and withers height, which could be used as important candidate molecular markers for breeding selection of largemouth bass. This study shows that RNA-Seq is an efficient approach to uncover gene-asso-ciated SNPs, which could facilitate genetic and functional genomics research in the artificial domestication of formulated feeding of largemouth bass. -
大口黑鲈(Micropterus salmoides),又名加州鲈,是我国重要的淡水肉食性水产养殖品种。我国许多省市均有养殖,年总产量在3.4×108 kg左右[1]。目前大口黑鲈养殖以投喂冰鲜杂鱼为主。随着海洋捕捞资源的过度开发和环境污染,冰鲜杂鱼供应量日趋紧张[2],在储存过程中容易腐败产生生物胺等有毒有害物质[3],比投喂人工饲料产生更多养殖水体的有机污染[4],且对养殖户来说,冰鲜鱼投喂的前处理需花费更多的人力,“以鱼养鱼”的养殖模式亟待改变。人工配合饲料是根据鱼类的生长特性科学配制而成,充分考虑了养殖鱼类对各类营养因子的需求。在制作过程中,一般经过熟化、粉碎处理,便于鱼类的消化吸收; 同时杀死了众多的病原体,减少发病的可能性。因而,采用人工配合饲料替代冰鲜鱼、活饵、杂鱼一直是进行大口黑鲈可持续健康养殖需要解决的关键问题之一。生物有机体各种性状,包括生长、发育、疾病、死亡都与基因的表达调控有关[5, 6]。鱼类对配合饲料的利用正是与摄食调控、营养代谢和免疫反应相关的基因表达有着密切关联[7, 8]。研究表明鱼类的食性是可遗传的,受多种因素包括内在的遗传和生理因素如食欲、消化道结构以及外在的饵料性质如蛋白来源、饲料适口性等的影响,是遗传改良研究中的一个重要内容[9, 10]。其中功能基因的遗传调控是食性的主要决定因素之一[9]。为培育易食人工配合饲料的大口黑鲈选育品种,本研究从大口黑鲈RNA-Seq (RNA sequencing)测序所获得的转录组数据中筛选与食性相关的SNPs (Single nucleotide polymor- phisms),并在全程投喂配合饲料的大口黑鲈群体中进行SNPs标记与生长性状相关分析,以期为大口黑鲈遗传改良提供有用的SNPs标记,并为鱼类分子育种研究提供可行的标记开发方法。
1. 材料与方法
1.1 试验鱼
本研究使用的大口黑鲈处理组试验鱼为本研究团队用于食性选育的“优鲈1号”,而对照组试验鱼则是本研究团队前期收集的大口黑鲈(非选育鱼),以上处理组与对照组试验鱼各30-50组,同时催产和人工繁育,获得同批产卵的后代,于广东省清远市阳山利阳水产科技有限公司经过约6个月的养殖。对照组试验鱼按照常规的养殖方式,以市场购买的冰鲜杂鱼进行全程投喂。处理组试验鱼从3-5 cm左右鱼苗开始驯食人工饲料,全程投喂全兴大口黑鲈配合饲料(佛山市顺德区全兴水产饲料有限公司)。然后随机取鱼,测量体质量、全长、头长、体高、体宽、尾柄长几个生长性状并剪尾鳍样本,无水乙醇保存备用。
1.2 转录组SNPs分子标记开发
以处理组与对照组试验鱼各12尾,采肝脏和肌肉组织提取总RNA,混合成肝脏、肌肉二种组织样品,建立cDNA文库,并用Illumina HiSeq2000进行测序(广州基迪奥生物科技有限公司),测序共获得174 M数据(Reads),通过组装,得到95024条参考序列(Unigene),运用bwa软件(http://bio-bwa.sourceforge.net)将测序得到的reads与unigene进行比对,比对结果再通过软件--Samtools (http://samtools.source-forge.net)进行SNPs和Indels (insertion-deletion)检测(所有分析过程使用软件的默认参数)。并过滤掉低质量的数据(过滤标准: 比对质量值MQ≥20,突变等位基因深度≥3,SNPs间的最近距离≥5 bp),进而开发出大口黑鲈的SNPs标记和Indels标记; 为验证SNPs标记的可信度,取50个高质量SNPs位点(过滤标准FDR≤0.001且|log2Ratio|≥1),设计引物,取对照组样本20尾,进行SNaPshot分型验证。为进一步进行标记与性状的相关分析,处理组试验鱼随机采样327尾,以上已验证的且在处理组和对照组间具有表达差异的SNPs位点,进行标记与生长性状的关联分析,挖掘出可用于大口黑鲈育种的候选标记。
1.3 基因组DNA提取
基因组DNA抽提采用天根生化科技(北京)有限公司的“血液/细胞/组织基因组DNA提取试剂盒”,提取方法参考试剂盒说明书。用0.8%的琼脂糖凝胶电泳检测DNA的完整性和纯度并用紫外分光光度计估计其浓度,用无菌双蒸水稀释至浓度为50 ng/L,-20℃保存备用。
1.4 大口黑鲈群体的遗传特征分析
将所提取的基因组DNA送上海捷瑞生物工程有限公司进行SNaPshot分型分析,获得几个SNPs位点的分型结果,统计各基因型频率和基因频率,以PopGene 32 (Version 1.31)和PIC-Calc0.6软件计算哈迪-温伯格平衡(Hardy-Weinberg equiliberum,HWE)、群体杂合度(H)、多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)等遗传多样性指标。
1.5 SNPs与性状的关联分析
先使用SPSS软件对所检测的随机群体的体质量、全长、头长、体宽、体高、尾柄长几个生长相关数据进行正态分布检验,以检测该群体是否为随机群体。然后进行该群体几个生长性状的主成分分析,操作步骤和结果分析方法参照王国梁等[11],以提取能代表大口黑鲈生长性状的特征值、贡献率和特征向量,按累积贡献率大于85%的原则提取主成分,基本涵盖大口黑鲈原始生长性状的全部遗传信息。
采用SPSS 19.0软件的一般线性模型(General linear model,GLM)中的多元方差分析(Multivariate)进行基因型与数量性状的相关性分析。其中,SNPs位点的不同基因型为固定因子(F),体质量、全长、体高、体宽等生长性状为因变量(D),进行不同标记基因型之间数量性状指标差异显著性进行检验并进行最小显著性差异法(Least-significant difference,LSD)的多重比较,进而分析等位基因的效应。
2. 结果
2.1 转录组SNPs分子标记开发
利用RNA-Seq技术,共获得174 M数据,通过组装得到95024条unigene,unigene平均长度为956 bp,运用bwa软件和Samtools软件检测SNPs和Indels位点共12139个,其中SNPs位点8681个; 并过滤掉低质量的数据(FDR≤0.001且|log2Ratio|≥1),筛选出大口黑鲈的SNPs和Indels位点共7368个,其中SNPs位点4436个。A、C、G、T四种类型碱基发生单核苷酸变异的数目介于2108-2307; A→G、C→T、G→A和T→C型的SNPs位点数目最多(图 1)。
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图 1 大口黑鲈的SNPs位点分类Figure 1. The distribution of SNPs identified from the largemouth bass2.2 SNPs标记的验证
为验证SNPs位点的可信度,挑选出的50个位点在20个样本中SNaPshot分型的结果显示其中3个无PCR扩增产物,8个PCR扩增产物偏大,39个可成功分型; 而成功分型的位点中有4个为单态,通过RNA-Seq技术开发出SNPs标记35个,成功率为70.0%。为探索食性相关SNPs,本研究还进行随机群体验证。
2.3 大口黑鲈随机群体生长性状的统计分析
全程以配合饲料养殖的大口黑鲈群体随机取样327尾,测量其体质量、全长、体宽、体高、头长、尾柄长几个生长性状(表 1)。运用SPSS软件进行群体的正态分布检验,结果显示该群体基本符合正态分布(图 2)。
表 1 大口黑鲈随机群体的生长性状测量值统计Table 1. The parameters of the random group of largemouth bass性状Character 体质量Body mass (g) 全长Total length (cm) 头长Head length (cm) 体宽Body width (cm) 体高Body height (cm) 尾柄长Caudal pedunclelength (cm) 均值mean 428.36±8.19 28.37±0.16 7.34±0.08 4.11±0.03 8.62±0.06 8.49±0.07 ![]()
图 2 大口黑鲈群体体质量的正态分布图Figure 2. Normal distribution curve of body mass of largemouth bass运用SPSS软件对大口黑鲈随机群体的327尾样本的生长性状进行降维处理,结果体质量可以解释该群体总方差的72.64%,头长可解释14.15%,头长可解释10.31%,而体宽、体高和尾柄长可解释的方差均低于2%。取体质量、全长和头长为大口黑鲈生长性状的主成分,3个成分的方差积累贡献率达到97.10%(表 2)。体质量与全长的相关性达0.887,与体宽的相关性达0.943,与体高的相关性达0.957(表 3)。
表 2 大口黑鲈生长性状的主成分分析Table 2. Principal components analysis on growth trait of largemouth bass成分Component 初始特征值Initial value of components 提取平方和载入Sum of squares of extracted components 合计Total 解释的方差的Explained variance ratio (%) 总方差累积Accumulation variance ratio (%) 合计Total 方差贡献率Variance contributionratio (%) 累积贡献率Accumulated variance contribution ratio (%) 体质量Body mass 4.36 72.64 72.64 4.36 72.64 72.64 全长Total length 0.85 14.15 86.79 0.85 14.15 86.79 头长Head length 0.62 10.31 97.10 0.62 10.31 97.10 体宽Body width 0.11 1.77 98.87 体高Withers height 0.04 0.64 99.51 尾柄长Caudal peduncle length 0.03 0.49 100 表 3 大口黑鲈几个生长性状的相关矩阵Table 3. Correlation matrix on some growth traits of largemouth bass体质量Body mass 全长Total length 头长Head length 体宽Body width 体高Body depth 尾柄长Caudal peduncle length 体质量Body mass 1 全长Total length 0.887 1 头长Head length 0.428 0.450 1 体宽Body width 0.943 0.835 0.410 1 体高Withers height 0.957 0.908 0.442 0.912 1 尾柄长Caudal peduncle length 0.511 0.759 0.178 0.481 0.511 1 2.4 SNPs位点基因分型统计及与生长性状的关联分析
先从这327个个体中取极大个体30个,极小个体30个组成BSA群体(Bulked Segregant Analysis),检测35个SNPs是否与生长性状相关,结果显示unigene0022436的297位C-T型SNP,unigene 0031044的1322位G-C型SNP、2257位G-A型SNP和2308位G-A型SNP均与生长性状存在显著相关性。但unigene0031044基因上的3个SNPs位点为完全连锁的,因而仅取其中unigene0031044的1322位点和unigene0022436的297位点扩大群体验证。
SNPs位点的基因型和基因频率的统计结果见表 4。卡方分析表明,2个SNPs的CC、CT和TT (或GG、GC和CC)基因型频率均符合Hardy-Weinberg定律(P>0.05)。大口黑鲈群体在这几个位点的多样性比较丰富,其杂合度为0.4557-0.4587,多态信息含量为0.4900和0.5631。
表 4 大口黑鲈2个SNPs位点的等位基因和基因型频率Table 4. Genotype and allele frequencies of two SNPs of largemouth bassUnigene编号Unigene number 位置Position 基因型频率Genotype frequency 基因频率Gene frequency H-W平衡Hardy-Weinberg eguiliberum 多态信息含量PIC 有效等位基因数Ne 杂合度H Unigene0022436 297 CC: 0.33CT: 0.46TT: 0.21 C: 0.56T: 0.44 Χ2=1.976(P=0.160) 0.5631 2.7584 0.4557 Unigene0031044 1332 GG: 0.45CG: 0.46CC: 0.09 G: 0.68C: 0.32 Χ2=0.674(P=0.412) 0.4900 2.3880 0.4587 均值Mean 0.5266 2.5732 0.4572 表 5列出了有显著相关性的SNPs位点和基因型,可见基因unigene0022436的CT基因型在体质量、体宽和体高3个性状的均值都显著高于TT基因型(P<0.05),CC型在6个生长性状上的均值都比TT型的均值高,但差异还未达到显著水平(P>0.05); unigene0031044的GG型在体质量、全长、头长、体宽、体高和尾柄长几个性状上的均值都显著高于CC型(P<0.05),CG型在这6个性状上的均值也比CC型的均值高,但差异不显著(P>0.05)。由此可见,unigene0022436基因的CT基因型和unigene0031044基因的GG基因型为优势基因型。体质量为该群体几个生长性状的主成分之一,可代表 72.64%的主成分方差,这2个基因型在体质量性状这个主成分上均与其他基因型有显著差异。
表 5 SNPs位点与生长性状的相关关系Table 5. Correlation analysis between SNPs polymorphism and growth traitUnigene编号Unigene number 分型Genotype 数目Number 体质量均值Mean of body mass (g) 全长均值Mean of total length (cm) 头长均值Mean of head length (cm) 体宽均值Mean of body width (cm) 体高均值Mean of withers height (cm) 尾柄长均值Mean of caudal peduncle length (cm) Unigene0022436 CC 108 427.77ab 28.28 7.48 4.08ab 8.48ab 8.53 CT 149 442.64a 28.61 7.33 4.17a 8.62a 8.72 TT 70 400.08b 28.02 7.15 4.02b 8.26b 8.55 Unigene0031044 GG 146 448.83a 28.73a 7.88a 4.17a 8.69a 8.71a CG 150 417.88ab 28.20ab 7.29a 4.07ab 8.40b 8.60ab CC 31 382.66b 27.47b 7.28b 3.95b 8.02b 8.29b 注: 表中上标为平均值的差异显著性(最小显著性差异法, LSD), 同一列数值中, 上标含相同字母表示两种基因型之间差异不显著(P>0.05), 不同小写字母代表差异显著(P<0.05) Note: Values with different superscript letters within a column indicates significant difference at P<0.05 2.5 SNPs标记相应的unigene序列分析
将unigene0022436和unigene0031044的cDNA序列,通过NCBI的BLASTn分析,结果unigene 0022436序列长度981 bp与大黄鱼(Larimichthys crocea)的zampogna同源盒蛋白基因(Homeobox protein zampogna-like,XM_010745675.1)的mRNA相似度达93%。unigene0031044序列总长度2601 bp,其中1218 bp序列与大黄鱼、红丽鱼(Pun- damilia nyererei)、罗非鱼(Oreochromis niloticus)等十几个物种的雌二醇17β脱氢酶12B类似物(estra- diol 17-beta-dehydrogenase 12-B-like,XR_797202.1; XM_005749621.1; XM_003450799.2等)的mRNA相似度达84%以上。
通过NCBI的ORF查找(Open Reading Frame Finder,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/),unigene0022436的297位上T-C型SNP为同义突变,编码精氨酸(Arginine/R)。unigene0031044序列的1322位G-C型SNP位于5′UTR,不编码蛋白质,而2257位G-A型SNP和2308位G-A型SNP为同义突变,分别编码天冬酰胺(Asparagine/N)和亮氨酸(Leucine/L)。本研究中检测的2个SNPs位点的基因型变异均不引起所翻译的蛋白质序列改变。
3. 讨论
3.1 利用RNA-Seq数据进行SNPs标记开发
以配合饲料和冰鲜鱼二种不同饵料进行大口黑鲈养殖所得的成鱼的总RNA进行高通量测序,获得了SNPs位点8681个,过滤后获得高质量SNPs位点4436个,而本研究证实这些位点开发分子标记的成功率为70.0% (35/50),而大西洋鳕(Gadus morhua)高通量测序数据挖掘SNPs的成功率与之类似为74.6% (2291/3072)[12],鲤(Cyprinus carpio)则为48.0% (12/25)[13],这可能与测序数据的质量及SNPs的过滤标准有关。大口黑鲈RNA-Seq测序数据统计结果表明,平均约7.48 kb出现一个SNP; 鲤约间隔6.6 kb有一个SNP[14]; 而人类作为研究相对较深入的物种,约1.0 kb有一个SNP[15-17]。出现这种SNPs在不同物种中分布密度的差异,与测序的数据积累、测序深度及精度有密切联系。按照本研究所统计出的数据推测,从大口黑鲈转录组数据库大量开发SNPs标记是完全可行的。随着现代测序技术提高和相应物种数据库的积累,更多的SNPs标记将被开发出来,用于高密度遗传图谱的构建及重要经济性状的定位,这也将极大的促进水产分子遗传育种技术的进步。
3.2 SNPs位点的群体遗传特征分析
杂合度反映了遗传一致程度,而多态信息含量是衡量多态性的一个指标。群体杂合度越高,表明该群体的遗传一致程度越低,群体的遗传变异越大,群体遗传多样性越高。多态信息含量越大,则该位点的杂合子比例越大,提供的遗传信息就越丰富。本试验得出的2个位点的平均群体杂合度为0.4572,平均多态信息含量为0.5266(属于高度多态PIC>0.5[18],或接近高度多态),说明本研究团队用于大口黑鲈选育的群体具有一定的遗传杂合度,遗传多样性丰富,还有进行进一步选育以提高群体整齐度和各项生产性能的潜力,这为我们进行大口黑鲈食性选育奠定了基础。
有效等位基因数(Ne)是基因纯合度的倒数,反映了等位基因间的相互影响,可以用来度量群体的遗传多样性。如果等位基因在群体中分布越均匀,有效等位基因越接近实际检测到的等位基因的绝对数。本研究中2个位点的平均有效等位基因数为2.5732,实际基因型均为3个,二者非常接近,这说明研究所采集的样本能够较全面的反映出整体的种群特征,基本能反映出群体的全部遗传信息,这在进行经济性状标记的分析中非常重要[19]。否则,统计分析的结果将有可能存在较大的误差和偏离。
3.3 大口黑鲈生长性状的主成分分析
由于易食人工饲料的衡量比较复杂,既涉及大口黑鲈对人工饲料的食欲,又涉及其消化代谢和饲料转化利用情况,本研究为简单的量化其评估标准,以大口黑鲈的食用饲料后的鱼体增长情况为其衡量指标。大口黑鲈的生长相关的几个性状提取主成分后,结果体质量作为第一主成分,贡献率高达72.64%。而几个性状的相关矩阵分析结果表明,全长、体高、体宽三个形态性状均与体质量有较高的相关性,分别为0.887、0.943和0.957,在主成分中起关键作用。在进行形态性状的主成分分析时结果6月龄大口黑鲈的体质量-体长、体质量-体高的表型相关分别为0.945和0.948(P<0.01)[20]; 鳜的体质量-全长、体质量-体长之间也存在极显著相关(r>0.9,P<0.01)[21],与本研究结果一致。因而,在对大口黑鲈的生长性状进行评估时,可以将体质量作为主要的评价指标; 而由于几个形态性状与体质量的高度相关性,在育种工作中对体质量进行选择的同时,其他生长性状也可以获得相应的间接选择反应。
3.4 SNPs标记与大口黑鲈生长性状的关系
这二个基因序列的BLAST结果表明它们分别与zampogna同源盒蛋白基因(zax)、雌二醇17β脱氢酶12B基因(17β-HSD-12B)相似度最高,zax属于NK家族的Nkx3.2的同源盒蛋白基因,与内脏肌肉组织的发育有关。在果蝇中,zax与中肠肌肉组织的形成至关重要[22]; 在非洲瓜蟾蜍(Xenopus)该基因与中肠的肌肉层、咽的内皮层、吻下软骨的形成有关[23]; 该基因的突变与人体的骨骼疾病(Spondylo-megaepiphyseal-metaphyseal dysplasia,SMMD)联系紧密[24]。17β-HSD是一种以NAD或NADP为受体、作用于供体CH-OH基团上的氧化还原酶,主要参与雄激素和雌激素代谢过程[25]。目前,已有14种不同的17β-HSD酶被发现,这些酶的底物、辅基、组织分布及酶反应方向各不相同[26, 27]。在体内和体外实验中,17β-HSD-12B不仅与雌二醇的生物合成至关重要,还与必需长链脂肪酸的延伸相关[28]。
unigene0022436的CT和CC型优于TT型,unigene 0031044的GG型和CG型优于CC型,而通过多重比较显示前者的CT型和后者的GG型为优势基因型。但在进行功能分析时,这2个unigene的SNPs均不会引起所翻译的氨基酸变化。有学者推测这种同义突变的SNPs可能影响mRNA的剪切从而影响蛋白质的功能[29]。而与unigene0022436相似度最高的zax基因与肌肉组织的发育有关,与unigene0031044相似度最高的17β-HSD-12B基因则与必需长链脂肪酸的延伸反应相关,这些都是对食性和生长性状具有直接或间接影响的功能基因。虽然对于这2个基因的功能和其对性状的调控机制,还有待研究,但根据关联分析的结果,我们可以将这2个SNPs作为大口黑鲈食性和生长相关的分子标记,用于大口黑鲈的分子辅助育种选择。
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图 1 大口黑鲈的SNPs位点分类
Figure 1. The distribution of SNPs identified from the largemouth bass
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图 2 大口黑鲈群体体质量的正态分布图
Figure 2. Normal distribution curve of body mass of largemouth bass
表 1 大口黑鲈随机群体的生长性状测量值统计
Table 1 The parameters of the random group of largemouth bass
性状Character 体质量Body mass (g) 全长Total length (cm) 头长Head length (cm) 体宽Body width (cm) 体高Body height (cm) 尾柄长Caudal pedunclelength (cm) 均值mean 428.36±8.19 28.37±0.16 7.34±0.08 4.11±0.03 8.62±0.06 8.49±0.07 
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表 2 大口黑鲈生长性状的主成分分析
Table 2 Principal components analysis on growth trait of largemouth bass
成分Component 初始特征值Initial value of components 提取平方和载入Sum of squares of extracted components 合计Total 解释的方差的Explained variance ratio (%) 总方差累积Accumulation variance ratio (%) 合计Total 方差贡献率Variance contributionratio (%) 累积贡献率Accumulated variance contribution ratio (%) 体质量Body mass 4.36 72.64 72.64 4.36 72.64 72.64 全长Total length 0.85 14.15 86.79 0.85 14.15 86.79 头长Head length 0.62 10.31 97.10 0.62 10.31 97.10 体宽Body width 0.11 1.77 98.87 体高Withers height 0.04 0.64 99.51 尾柄长Caudal peduncle length 0.03 0.49 100
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表 3 大口黑鲈几个生长性状的相关矩阵
Table 3 Correlation matrix on some growth traits of largemouth bass
体质量Body mass 全长Total length 头长Head length 体宽Body width 体高Body depth 尾柄长Caudal peduncle length 体质量Body mass 1 全长Total length 0.887 1 头长Head length 0.428 0.450 1 体宽Body width 0.943 0.835 0.410 1 体高Withers height 0.957 0.908 0.442 0.912 1 尾柄长Caudal peduncle length 0.511 0.759 0.178 0.481 0.511 1
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表 4 大口黑鲈2个SNPs位点的等位基因和基因型频率
Table 4 Genotype and allele frequencies of two SNPs of largemouth bass
Unigene编号Unigene number 位置Position 基因型频率Genotype frequency 基因频率Gene frequency H-W平衡Hardy-Weinberg eguiliberum 多态信息含量PIC 有效等位基因数Ne 杂合度H Unigene0022436 297 CC: 0.33CT: 0.46TT: 0.21 C: 0.56T: 0.44 Χ2=1.976(P=0.160) 0.5631 2.7584 0.4557 Unigene0031044 1332 GG: 0.45CG: 0.46CC: 0.09 G: 0.68C: 0.32 Χ2=0.674(P=0.412) 0.4900 2.3880 0.4587 均值Mean 0.5266 2.5732 0.4572
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表 5 SNPs位点与生长性状的相关关系
Table 5 Correlation analysis between SNPs polymorphism and growth trait
Unigene编号Unigene number 分型Genotype 数目Number 体质量均值Mean of body mass (g) 全长均值Mean of total length (cm) 头长均值Mean of head length (cm) 体宽均值Mean of body width (cm) 体高均值Mean of withers height (cm) 尾柄长均值Mean of caudal peduncle length (cm) Unigene0022436 CC 108 427.77ab 28.28 7.48 4.08ab 8.48ab 8.53 CT 149 442.64a 28.61 7.33 4.17a 8.62a 8.72 TT 70 400.08b 28.02 7.15 4.02b 8.26b 8.55 Unigene0031044 GG 146 448.83a 28.73a 7.88a 4.17a 8.69a 8.71a CG 150 417.88ab 28.20ab 7.29a 4.07ab 8.40b 8.60ab CC 31 382.66b 27.47b 7.28b 3.95b 8.02b 8.29b 注: 表中上标为平均值的差异显著性(最小显著性差异法, LSD), 同一列数值中, 上标含相同字母表示两种基因型之间差异不显著(P>0.05), 不同小写字母代表差异显著(P<0.05) Note: Values with different superscript letters within a column indicates significant difference at P<0.05
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